課題驗收時，如果第三方檢測結果不合格，應當采取以下措施：

1. **分析原因**：首先，需要對檢測不合格的原因進行詳細分析。這可能涉及到課題研究過程中的技術問題、操作失誤、設備問題、環境因素等。分析原因有助于確定后續的改進措施。

2. **及時溝通**：與驗收機構和項目管理專業機構進行及時溝通，了解具體的不合格項和驗收標準，同時報告課題組的分析結果和初步整改計劃。

3. **制定整改計劃**：根據不合格的原因，制定詳細的整改措施和計劃。這可能包括技術改進、流程優化、設備維護、人員培訓等。

4. **實施整改**：按照整改計劃，采取有效措施進行整改。在整改過程中，應確保所有措施得到充分執行，并記錄整改活動的詳細情況。

5. **再次檢測**：整改完成后，需要重新進行第三方檢測，以驗證整改措施的有效性。確保所有不合格項都已經得到妥善解決。

6. **提交補充材料**：如果整改后再次檢測合格，應及時向驗收機構提交補充材料，包括整改報告、新的檢測報告等，以便進行最終驗收。

7. **驗收評審**：在整改和補充檢測合格后，課題組應參與驗收評審，詳細說明整改過程和結果，以及采取的措施如何確保課題目標的實現。

8. **記錄和歸檔**：無論最終結果如何，都應將整個不合格處理過程進行記錄和歸檔，包括檢測報告、溝通記錄、整改計劃和實施記錄等，以備后續查閱和評估。

9. **總結經驗**：課題組應從不合格的事件中總結經驗教訓，分析問題發生的根源，完善課題研究和管理流程，防止類似問題再次發生。

10. **遵守規定**：在整個處理過程中，應嚴格遵守科研項目管理的相關規定和標準，確保所有活動合法合規。

請注意，具體的處理流程和措施可能需要根據項目管理機構的具體要求和課題研究的實際情況進行調整。在處理不合格情況時，應保持積極的態度，主動解決問題，并與相關方保持良好的溝通。